生物起源
フズリナ（紡錘虫）、ウミユリ、サンゴ、貝類、石灰藻などの生物の殻（主成分は炭酸カルシウム）が堆積して出来たもの。歴史上、古生代のオルドビス紀頃とペルム紀頃、中生代の白亜紀頃の3回、海生生物起源の石灰岩が大量に生成した。例えば古生代のペルム紀に存在した海域（テティス海）で生成した石灰岩は、現在アルプス山脈・ヒマラヤ山脈・中国・日本の各地で見られる。生物起源の石灰岩には明瞭な化石を含むものも多く、右上の写真は大垣城の石垣にあるフズリナの化石を含んだ石灰岩。また白亜紀の語源となったイギリスのドーバー海峡に見られる白亜（チョーク）も海生微生物起源の石灰岩である。
同様な生物活動は現在も続いており、グレートバリアリーフに代表されるサンゴ礁では今も石灰岩が生成されつつある。
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